In un Giappone invaso dai kaiju, Kafka Hibino lavora per lo smaltimento di spoglie dei mostri. Dopo essersi imbattuto nuovamente in Mina Ashiro, la stella delle Forze di Difesa anti-kaiju, decide di rincorrere nuovamente il suo vecchio sogno di unirsi alle Forze... ma poi, improvvisamente, si trasforma nel potentissimo "Kaiju No. 8". Con l'aiuto del giovane collega Reno Ichikawa, Kafka cela la sua vera identità mentre lotta per conquistare il suo sogno di una vita: superare l'esame per le Forze di Difesa e tornare accanto a Mina. Ma quando un misterioso kaiju dotato di intelligenza attacca una delle basi delle Forze di Difesa, Kafka si ritrova costretto a prendere una decisione cruciale...